百度是中国大陆知名的互联网企业，旗下不同部门发布了许多应用产品，而这些应用在安装时往往会捆绑安装百度自家的其他应用产品，于是出现“安装一个，留下一窝”的情况。
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百度杀毒即曾经利用Windows漏洞强行安装等涉嫌流氓软件的行径。而更多的，是安装了百度其中一项产品，而捆绑安装其他产品的情况。
在智能设备上安装的百度App产品，则存在互相唤醒的情况，即便通过一些管理软件杀除了某些进程，可能会在运行其他百度产品时候进行唤醒，从而达到事实性的常驻效果。
百度全家桶中的一些软件，如百度杀毒等，存在难以卸载等问题，甚至还出现了百度全家桶中的程序干扰其他安全软件，例如360安全卫士的情况。
2015年10月～11月，爆出了部分百度系app存在安全后门，被命名为“WormHole虫洞漏洞”。安全网站乌云的分析文章指出，该服务运行在端口40310/6259，被命名为immortal service（不朽/不死的服务）；具备相同后门的app会轮替监听该端口。
2016年7月，大量百度地图的用户表示，百度地图会在手机用户不知情的状况下默默地下载大量的电台音频文件，包括单田芳郭德纲的相声和一些流行歌曲，甚至有网友抱怨已经被自动下载的音频吃掉了近100M流量，哪怕将这些音频删除，软件很快又会在后台下载，并且网友发现百度地图似乎会不断重新下载，因此实际耗费的流量可能会更多。百度日前作出解释称这是新增的tingphone功能。这样的功能完全不顾用户的意愿，并且无法关闭。
由于百度全家桶系软件会给用户正常使用带来困扰，部分厂商及网友也提出对策。如利用证书规则，创建名为baidu的空文件夹并禁止写入等。
Android 行动装置会自动加入名为baidu的文件夹，并放入广告档案，可以使用ES文档浏览器或RE管理器，删除该文件夹。并且新建档案/文档，命名为baidu，即可防止生成。
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