电子商务的基础是网络，而网络的物理支撑是各种硬件设施，这些硬件设施会由于各种原因带来安全风险。这里有设备故障，有人为因素，也有自然灾害。硬件安全问题虽然发生的概率不大，但是一旦发生，其影响巨大。
各种系统软件、应用软件是网络运行所必需，是电子商务的另一个支撑点。但是，由于技术和人为的原因，各种软件不可避免的存在各种设计的缺陷和漏洞，而且由于软件的多样性和复杂性，在配备、使用中也会有各种问题，导致电子商务系统中存在技术误差和安全漏洞。
企业对电子商务的管理还处于一个摸索的阶段，专业技术人才匮乏，管理水平不高，效率低下。这些都给电子商务带来很大的安全隐患。
广大消费者对于电子商务这个新生事物还比较陌生，缺乏相应的知识，还不能十分熟练的应用这一新的交易手段。容易造成资金被盗、冒名交易、上当受骗、操作失误等。
以获取机密信息或者破坏为目的的网络攻击是电子商务另外一个重要安全隐患。包括病毒攻击、木马程序，以及其他各种形式的网络攻击。
法律是市场经济的重要外部环境。电子商务是一种全新的商务活动，急需相应的法律保障，为市场制定新的、适用的游戏规则，否则就会引起混乱。我国目前有关的立法工作显得相对滞后，使许多电子商务纠纷的解决缺乏法律依据。
电子商务由于其开放性、虚拟性，交易双方不直接见面，在身份的判别确认、违约责任的追究等方面都存有很大困难。我国目前的状况是社会信用体系不完善，缺乏诚信，这给在网上利用电子商务进行交易的传统企业和个人带来不可预料的风险。
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