故事发生在人鬼共生的年代，原本属于阴界的魑魅魍魉，潜藏在人类的恐慌中伺机而动，阳界的秩序岌岌可危。幸而世间有着一群懂得观星测位、画符念咒，还可以跨越阴阳两界，甚至支配灵体的异能者，他们正各尽所能，为了维护阴阳两界的平衡赌上性命战斗并被世人尊称为“阴阳师”。
游戏中玩家扮演一名阴阳师，其职责就是退治妖怪，玩家角色与被收服的式神作为作战单位一同参与到战斗中。游戏中玩家初始角色为安倍晴明，其余角色需要玩家角色到达一定等级时通关指定剧情才能解锁更换。
御灵相当于阴阳师的守护者，不同的阴阳师拥有不同的御灵，御灵伴随着阴阳师出入于战斗当中，御灵可以为阴阳师带来额外的属性强化，御灵的等级越高对阴阳师的属性加成就越大，而阴阳师到达一定等级时会获得一个“御灵被动技能”，就是当阴阳师在战斗中如果受到攻击，御灵有几率会对敌方全体进行反击，伤害值取决于御灵的伤害属性。御灵可以通过“吞噬”御魂来强化自己以达到提升等级的目的。
妖怪是《阴阳师》中的一种角色形象设定，这些角色都是日本文化中的经典妖怪形象，设定为“祸害”即担任游戏中的反派角色，阴阳师的职责就是退治妖怪，而当妖怪被阴阳师收服之后则称为“式神”，成为阴阳师的作战单位。妖怪和式神都有等级、属性和技能的设定。
式神是指被阴阳师所役使的灵体，在游戏中作为阴阳师玩家角色的作战单位，其按照品阶分为犬神、犬鬼、游浮灵、地缚灵和饭纲，以游戏里的评级形式分为SSR、SR、R、N（此评级为稀有度评级无关式神是否强大，但一般稀有度评级越高的式神培养潜力越大，SSR为最稀有）。
《阴阳师》游戏中的式神主要获得除了主线剧情之外，还是需要通过游戏中玩家进行抽取获得，召唤需要阴阳师用符咒进行召唤，召唤分为三种，分别需要消耗破碎符咒（可获得N-R级式神）、神秘符咒（可获得 R-SSR级式神）、勾玉（每100勾玉可召唤一次，可获得R-SSR级式神）来进行开启，符咒使用后随机召唤出新的式神。玩家角色（阴阳师）收服的式神存在于式神录中，曾获得的式神也会记录在式神图鉴中。
式神按战斗中的定位可以分为治疗系，控制系，单体DPS系和群体DPS系 。
御魂是《阴阳师》中穿戴在式神身上的一种增强道具，相当于式神的装备。每个式神默认拥有六个可以装备御魂的位置。每一套御魂有6个部位，同一种御魂装备2件和4件可以激活特殊效果，玩家可以把同种御魂理解为套装，成为御魂套，不同御魂的套装效果各不相同，而除了套装额外加成属性外，每个单独的御魂拥有一定的属性。御魂拥有等级设定，是以“勾玉”（星级）为等级代表符号，最高等级为六个勾玉，高勾玉（星级）的御魂除了固定属性外，还随机附带其他属性。
游戏中的增益道具指的是让玩家角色或结界在短时间可以获得各种增益的道具，角色增益道具如经验加成道具可以让玩家角色在一定时间内获得的经验收获翻倍、金币加成道具可以可以让玩家角色在一定时间内获得的金币收获翻倍，结界增益道具如“结界加固·生命”可以增加阴阳寮结界的生命，增益道具可以在游戏中的商店和神社中购买，而结界的增益道具只在神社中售卖。
百鬼夜行是玩家可以获得大量式神碎片的地方，玩家角色进入“百鬼夜行”时以撒福豆的形式击中路过的妖怪，击中时便可以获得该式神碎片，其中时常会漂浮着一些道具鸟，玩家击中可以获得道具效果。
游戏中有货币和代币两种通货，金币、勾玉作为玩家主要的交易货币，在商店中使用，金币可以在通关副本时获得，注意一点的是勾玉是使用现实货币充值所得，勾玉可以购买大部分道具（体力、御魂、金币、皮肤等），当然玩家也可以在游戏的某些活动（节日活动、剧情任务等）中免费获得只是相对量比较少，勾玉可以通过购买金币礼包转换为金币 。
代币有勋章，勋章在玩家角色通关副本或参与阴阳寮的相关活动中可以获得，而勋章分为个人勋章和公会勋章，个人勋章可以在商店中使用消费，而公会勋章只能用于阴阳寮的神社中消费，并且只能由阴阳寮的阴阳寮会长和副会长使用。
《阴阳师》中把副本（御魂副本，素材副本，结界突破）、章节关卡放在“探索”地图中，玩家可以主动点击代表某些副本的图案来进入副本。
阴阳寮地图需要玩家打开定位服务（LBS）才能使用，即阴阳寮地图是和现实世界地理联动的，阴阳寮地图是以玩家的现实世界地图通过一定简化生成的，游戏中角色的位置以玩家在现实世界中的位置决定。阴阳寮的“狩猎战”开启之时，鬼王boss就会出现在阴阳寮地图中。
游戏中玩家角色在进行对战时，背景是以系统选取的固定决斗场景，而分化两方（玩家方，敌方）分开形成对立阵型。
游戏中的收藏系统分为成就和图鉴收藏两个方面。系统会记录玩家在游戏中的操作，当玩家达到一定条件时可以获得相应成就，系统会赠送玩家成就奖励，如当角色首次装备上五星御魂时，玩家可以获得“御魂进阶·二”成就并同时获得成就奖励15个勾玉。
图鉴可以观察已经获得的御魂套装属性和位置等等，收集图鉴上的式神可以获得奖励。其中曾获得的式神都会记录在图鉴中不论还拥有与否，式神图鉴可以观察已获得式神，御魂图鉴可以查看已经获得的御魂和对应位置，地域收集可以获得不同奖励。
游戏中的阴阳寮是阴阳师的组织团体，相当于公会、帮派，在玩家角色通过第三章剧情后才能解锁，不同于一般的RPG游戏的是，《阴阳师》中阴阳寮是基于LBS（基于位置服务）设计的，阴阳寮里均为附近的玩家，阴阳师加入阴阳寮可以开启更多的玩法，分别是祈愿、结界突破和妖怪退治/狩猎战/鬼王。
《阴阳师》中任务分为每日任务和剧情任务，每日任务顾名思义是玩家角色每天都可以完成的任务，完成后系统会自动赠送与任务相对应的奖励，每日任务有活跃度设定，玩家每完成一个每日任务就可以获得一定活跃度，积攒一定活跃度达到一个活跃度礼包条件时便可领取额外的礼包奖励；剧情任务是游戏中的主线任务，其剧情是做成一幕幕舞台剧的形式来展示，让玩家获得类主机单机游戏的专注剧情体验，而剧情任务有角色等级限制，玩家角色需要达到剧情任务限制等级条件时才可以解锁进入对应的剧情任务，完成剧情任务可以解锁“探索”中的章节地图关卡。
游戏战斗分为自动战斗和手动战斗，玩家可以自行切换，自动战斗模式是系统自动指挥角色施放战斗，在该模式下玩家可以在角色面板上选择各角色的行动偏向（如主施放技能或主施放普攻），这需要玩家根据场上战斗形势选择；手动战斗模式即玩家自主控制角色行动战斗。
《阴阳师》背景音乐是由日本作曲家梅林茂谱写，收录于《阴阳师游戏原声音乐集 》。
需要android2.3或更高版本。
需要 iOS 7.1 或更高版本。与 iPhone、iPad 和 iPod touch 兼容。
2016年12月15日，工夫影业官方微博首先发布消息，宣称将与华谊兄弟影业和网易影业携手，打造《阴阳师》电影及剧集，并发布了一张“阴阳师”主题图，三家公司logo排列其中。随后华谊兄弟电影和《阴阳师》手游官方微博迅速转发回应，确认了这一合作消息。此次工夫影业、华谊兄弟电影和网易影业宣布联手打造《阴阳师》电影和剧集，并未公布完整的拍摄时间计划，但有关《阴阳师》的剧本创作已经着手开始，之后在合适的阶段将曝光该项目的具体信息。
《阴阳师》和风唯美的画面配上水墨渲染，给人非常独特的游戏画面感受。游戏玩法重在卡牌的收集和PVE对战，游戏中的技能释放效果也是一大亮点《阴阳师》整体人设细腻、唯美，场景用色淡雅、空灵。宁谧的和风意境，正适合表现幽冥与现实的模糊界限。（新浪游戏评 ）
在剧情设置方面，《阴阳师》的故事是由一个个短篇小章节构成，在人物的性格塑造和情节内容上都可圈可点，一个个小短章不会让玩家产生厌烦感。《阴阳师》的人设、配音、剧情都很迎合二次元玩家，在游戏玩法上有较大的可玩性。
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